01 长野黯影·前
艾因索菲东部平原发现了从未见过的怪物，科尔盖的攻击手段对它们通通失效，但却有一名拿着奇异武器，名叫亚莉莎的神秘少女帮助托特和她所在的科尔盖队伍击倒了怪物。
02 异踪迷迹
亚莉莎回忆自己来到盖亚世界后的经历。从外出郊游的一家三口那里，她得知了「科尔盖」的名字，又从小女孩史黛西那知道了荒神也存在于这个陌生的地区。
03 蔽日移云·前
在带亚莉莎回科尔盖的路上，托特了解到有关「神机」和「神机使」的更多信息，明白了神机使以剿灭荒神的使命。但是在途中，科尔盖再次侦测到荒神活动的痕迹，众人赶到后，发现了比之前更为强大的荒神「金刚」。
04 虹霓流星
核心城，管理员和薇儿丹蒂收到了托特的传讯，得知荒神事件，准备去科尔盖见一见亚莉莎，却在路上发现了另一位神机使——雪儿。在一家餐厅里，双方交换了各自掌握的信息，并达成了合作意愿。
05 爝火风动·前
管理员带着雪儿回到深空之眼找大国主，期间薇儿丹蒂接到巡查视骸的任务，雪儿提出同行。于是管理员、薇儿丹蒂和雪儿组成小队一同前往骸能信号地，雪儿在探查中遭遇侵蚀种。
06 扬汤止沸·前
管理员一行来到被破坏的东部平原，亚莉莎和托特已经陷入苦战，雪儿及时救场。
07 暮日围城·前
时间有限，科尔盖虽然研究出了初步的对抗手段但远远不够，众人对「正面对抗」和「区块数据清除」两套方案争执不下，这时前线报告高量级荒神突入了居民区。疏散民众时，亚莉莎发现了被荒神攻击的史黛西一家。
08 覆世燎原·前
报告中的高量级荒神是天父，科尔盖的数据屏障也即将告破，卡玛乌希望启用「区块数据清除」方案。这时大国主传讯，提供了运用「偏食因子」的新思路，并希望探查隔离区内的数据异常，最终卡玛乌被说服，同意让众人再试一试。几人深入隔离区，遭遇天父。
09 溯夜追光·前
战斗紧锣密鼓的进行，科尔盖向区域内投放偏食因子，托特加入管理员小队，在轰炸后准备进入隔离区。
10 来日新晴
战斗结束，但是时空穿越的事暂时还没有进展，亚莉莎和雪儿会暂时留下。获救的小女孩史黛西给亚莉莎送来了礼物，管理员也对两人的未来表达了祝福。
本章插图
SS1901 · 天外来客
少女高高站在天穹之下，仿佛昭示着她不同寻常的来处。
— 长野黯影·前
SS1902 · 都市之中
从未见过的世界，倒映在她的眼中。
— 虹霓流星
SS1905 · 捕食神明
以神为名的邪恶，终将被吞没。
SS1903 · 并肩守望
从不同的来处，到同一条战线，相似的责任连通着彼此。
— 爝火风动·后